格闘はこの手のゲームをプレイしたことがあれば直ぐにわかる簡単操作だ。
基本はレバーニュートラルから出せる格闘３発のコンボで、他に→×、←×、↑（↓）×とレバー入れ技が存在する。
→×は前方に移動しながら出す攻撃や、相手を浮かせるような攻撃が多く、←×は相手を突き飛ばすような攻撃が多い。↑（↓）×は横なぎに払う攻撃や、軸をずらしながら攻撃するような技が多い。
ゾイドによっては格闘コンボが４段以上あったり、レバー入れ技からもコンボが存在する。

格闘攻撃はガードクラッシュの能力が高く、相手の赤ゲージを大幅に上昇させることができる。コンボで使って行くのが有効だが、単発で赤ゲージを大幅増大させる攻撃や、浮かせて追い討ちが期待できる攻撃など、操るゾイドの格闘性能を把握しておくと有利に戦えるだろう。

一部のゾイドの溜め格闘攻撃やＥＸ格闘は投げになっている。投げといっても一部のＥＸ技を除いてはガードしてる相手にダメージを与えるのではなく、初段がヒットしたら投げ演出に移行する打撃投げになっている。バウンドコンボに有効だが、溜めてる最中は格闘ガードできないので受身からの反撃には注意。

一部の技は相手を浮かせたり、叩きつけたりできる。浮かせられても叩きつけられてもそのままだとバウンドしてダウンするが、ここに追い討ちをかけることができる。浮かされた方は受身を取ることが可能。受身後はたぶん短い無敵時間がある。

横方向に大きくふっ飛ばす技もある。こちらは距離を置いて射撃で攻めたいときや仕切りなおしたいときに有効。

格闘コンボの２段目以降を代表として、一部の通常技はガード属性を持っている。相手の攻撃をガードしながら攻撃を出せるので、相手の攻撃に合わせて攻撃を叩き込んだりもできる。
ガードゲージはしっかり減るのでガードクラッシュには注意。

投げ系のＥＸ格闘の多くや、パイルバンカーのＥＸ技など、一部のＥＸ技はガード不能属性を持っている。通常ガードが不能で相手がガードしていてもヒットさせることが出来る。

しかし、ステップガードではガードされる。カットインが入るＥＸ技はステップガードのタイミングが合わせやすいし、過信は禁物。

上記の浮かせ技でバウンドしてる相手にも追い討ちができる。良くある対戦格闘のような「浮かせなおし」が出来る技は少ない。

浮かせなおすことができないので、バウンドコンボには投げが有効。バウンドしてる相手にヒットしても、そのまま投げ演出になる。投げの後に追い討ち可能なゾイドでは結果的に浮かせなおすことになり、さらに追い討ちをすることが可能。

最初は戸惑いやすいが、このゲームは○ボタンを押しっぱなして相手を捕捉し、ロックオンするとターゲットが赤くなり、相手の方に向き直っての射撃が可能となる。ボタンを放して射撃。

ターゲットが緑の捕捉中にボタンを放すと、自分の正面に向かって射撃をするが、一部の誘導ミサイル等はロックオンしなくても誘導したりする。

上記の射撃の特徴を利用して、ロックオンせずに突然射撃をするのがノーロック射撃。反応してガードするのが困難で、ロック中に攻撃を喰らって止められることもない。
このゲームでは前後にステップすると相手の方を向くので、ステップしてからキャンセルするように撃つのが基本。

特にガードクラッシュ中は相手が突っ込んでくる可能性も高い。咄嗟に反応してバックステップノーロック射撃で切り返せれば、ガードが回復するまでの時間稼ぎが楽になるだろう。ステップから射撃するときは後述のステップキャンセルも仕込んでおくとさらに良い。

ロックオンして射撃をすると、基本的には相手の方に向き直って踏ん張った状態で射撃をする。結構隙が大きいので、射撃をガードされて反撃をされたり、近距離で射撃を当てたのにその後の状況は五分だったりするが、ジャンプをしてから射撃をすると、踏ん張りでの硬直がなくなるために隙を減らすことができる。

ジャンプ射撃をするときは背中武器と腹部武器で発射される角度が違うので注意が必要。腹部武装は斜め下４５度に射角が固定されている。相手が近くに居るときに有効で、格闘攻撃をするために近づきたいときの飛び込みに有効。しかし離れた相手には当たらない。反面、背中武器はロックオンしていれば遠距離にも射撃可能。しかし下方向にはあまり撃てず、近距離射撃では外れることが多い。うまく使い分けていこう。また、追加武装の場合は真下までカバーできるものからジャンプ射撃は全くあてにできないほど誘導性が弱いものまで武器によって違いがある。

ジャンプ中は武装コンボは出ないので、レーダー、センサー装備時は注意が必要。

後述のガードのところでも紹介するが、ゾイドストラグルと違い、射撃と格闘の２択によるガード崩しは出来なくなった。ガードクラッシュ能力も格闘に比べて低い。

しかし、ガード崩しに射撃が使えなくなったということは無い。ストラグルのときはカノン系武器に比べて使い難かったミサイル系武装は、格闘との連携によるガード崩し能力が強化されている。
弾速の遅いミサイルを放ち、追いかけるようにして格闘で攻めれば、相手の行動を制限しながら効率良くガードゲージを削ることができる。
他にも腹部武装のジャンプ射撃でガードクラッシュさせれば着地後格闘に繋げられるし、射出弾数の多いガトリングやミサイル等はちまちまと赤ゲージを貯めるのに役に立つかもしれない。

一部のゾイドで一部の武器を装備すると「回転砲台」となり、移動しながら射撃することができる。なかにはブレードライガーがアサルトガトリングを装備したときのように、砲台は回転しないが移動しながら撃てる武器もある。

しかし、回転砲台の武器は横方向へ柔軟に回転する代わり、上下方向へはあまり動かない。走りやジャンプ、ステップなどゾイドの動きに合わせて上下に弾道がズレるので注意。横方向に走りながら撃つ分には安定して射撃できる

相手の攻撃は格闘、射撃に関わらずレバーニュートラルでガードできる。格闘と射撃でガード方法が違った前作ゾイドストラグルと比べるとガードすること自体は簡単になった。

相手の攻撃をガードすると、体力ゲージ下にあるガードゲージが減少する。ガードゲージがなくなるとガードクラッシュのエフェクトと共にガードクラッシュ状態になる。
ガードクラッシュ中はゾイドに赤いスパーク状のエフェクトが発生し、ガードゲージが赤く点滅、ガードが不可能になる。
ガードクラッシュ中にガードゲージは回復して行き、満タンになると青い光に包まれるようなエフェクトとともにガードが復旧する。

格闘や格闘系武装をガードさせると、射撃に比べて大きくガードゲージを減少させることができ、ガードクラッシュをさせやすい。
また、相手のゲージが十分に減らしたら、相手に向かって飛び込みながらの射撃等隙の少ない攻撃でガードクラッシュさせると、その後の展開で有利となる。
相手がガードクラッシュしたら攻撃で返され難い出の早いＥＸ技で攻撃したり、回避し難いミサイル系武装での射撃が有効。また、多段ヒットする攻撃で攻め立てて途中でガードクラッシュさせるのも良い。

自分がガードクラッシュしてしまうのを防ぐのはやはりマメなゲージの回復だろう。相手のガードゲージが全然減ってないときなど、攻め立てる必要が無く、自分のゲージが減ってしまっているときは、射撃で相手を牽制しながら距離を取って回復の時間を稼ごう。

このゲームではステップでも相手の攻撃を防ぐことが出来る。前作ゾイドストラグルでは射撃しか防げなかったが、ガードの性能変更にともない、ステップでも格闘を防ぐことが可能になっている。

ガードと比べると隙が少なく、相手の攻撃を防ぎながら移動も出来るので、防御後反撃に転じやすい。また、ガードゲージを消費せず、ガードクラッシュ時でも攻撃を防ぐことができる。

一定時間内に連続でヒットする攻撃に対しては、初段をステップガードすれば、その後も自動でガードされる。

相手の攻撃をガードしている状態からガード硬直をキャンセルしてステップを出すことが出来る。

荷電粒子砲に代表される射出時間の長いレーザー系の射撃や、連続ヒットする多弾ミサイルをガードしたときや、振りの大きい単発の格闘をガードした後などに使うと反撃に転じやすい。

□ボタンを連続で押すことで、スロットに装備した順番に追加武装を使用する。コンボの最高は５段までで、格闘から繋いだ場合は格闘の回数も含めて５回となる。

効果が判り難い装備が多数あるので解説。

レーダー、センサー系はロック時間短縮。使うと相手にエフェクトが着き、ロックオン時間が短縮される。武装コンボ中は以降の射撃をロック状態で撃つ事ができる。また、普通に押しっぱなしでロックオン射撃をするとゲージ消費を節約できる。

ブースター系は使うと体当たりをする。第１追加武装にしてる場合は押しっぱなしでブースト発動。ゲージを消費しながらほんの僅かだけ移動速度を上げることができる。

バイキングランス＆レーダーや、アタックブースター、ウイングベース＆２連パルスなど、１つ装備するだけで複数の効果を発揮するものもある。←□か□押しっぱなしがほとんどだが、ゾイドストラグルの公式サイトをチェックしてみると確実。

格闘系→格闘系
ガードクラッシュ能力の高い格闘系武装、通常射撃の実用性が高く武装で補う必要が無い場合は格闘５連発のコンボを確保するのも有効。ガードクラッシュがあるため、射撃武器が頼りないゾイドでも、射撃を切り捨てて格闘のみで戦うことも可能になった。

レーダー→カノン系
相手がレバーニュートラルの状態でガードされる上にステップでも弾かれるので攻撃面での実用性は下がっている。反面、自分のガードゲージが減っているときなど、攻めてくる相手の攻撃を返したいときに咄嗟に撃てるのは強み。上下方向への追尾性能が高い武器だと対空にも威力を発揮する。

カノン系→レーザー系
カノン系がヒットしたときはそのままレーザー系武装まで繋ぐことが出来、攻撃力としては期待できるが、ガード性能の変更にともない、レーザー系武装はガードされたときのデメリットが大きい。カノンがヒットしたときは追い討ちに撃ち、ガードされたときはカノン単発止めとレーザーまでの撃ちきりを使い分けることで、ガードキャンセルからの相手の反撃を牽制できる。

カノン系→ミサイル系
ストラグルではあまり有効ではなかった組合せだが、ガード性能の変更により実用性が上がった。カノンがヒットしてもミサイルでの追い討ちは期待できないが、カノンをガードされたときはミサイルでさらにガードゲージを削ったり、ガードキャンセルからの反撃を牽制するのに有効そうだ。

カノン系、レーザー系のみ
コマンドウルフ、サーベルタイガーなどの機動性を生かした戦いをした方が強いゾイドは、背中武器ひとつでも十分。だが、ストラグルの時ほど強くないので過信は禁物。相手もタイミングの取りやすいジャンプ射撃だけではことごとくガードされるのは目に見えてるので、タイミングをずらしたりして読まれないようにしよう。